Oligonucleotide

Catena di pochi nucleotidi (fino ad alcune decine) ottenuta per sintesi o per frammentazione di un acido nucleico (➔ biotecnologie).

In genetica molecolare, l’o. allele-specifico (ASO, allele-specific oligonucleotide) è un o. sintetico progettato per ibridizzare con una specifica sequenza nucleotidica. In condizioni ottimali un ASO è estremamente specifico, ossia non è in grado di legarsi a sequenze che presentino anche una sola variazione nucleotidica. Gli ASO sono utilizzati come inneschi della PCR, per distinguere alleli simili tra loro, e sono lunghi 15-19 paia di basi.

Nella diagnosi molecolare, in individui affetti da malattie ereditarie, mediante gli ASO si possono identificare le differenze tra il DNA normale e il DNA con la mutazione. Con adeguate condizioni di ibridazione (temperatura e concentrazione di sali) si legherà al DNA bersaglio solo l’ASO con l’appaiamento perfetto. L’analisi viene effettuata sintetizzando ASO per entrambe le possibili sequenze della regione e osservando l’ibridazione di ogni sonda marcata sui prodotti amplificati da PCR.